수입농약 공급의 부가가치세 영세율 적용 여부

수입농약 공급은 ｢조세특례제한법｣ 제105조제1항제5호 나목 및 ｢농·축산·임·어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정｣ 제3조제2항에 따른 부가가치세 영세율 적용대상임

○수입농약 공급이 조특법 §105①(5)나목 및 농림특례 규정 §3②에 따른 영세율 적용 대상인지 여부

사실관계

○자문법인은 농약을 제조하여 판매하는 업체로 주로 농협과 시판업체 등을 통하여 국내에서 제조한 농약과 외국에서 수입한 농약을 농민에게 공급하고 있음

○자문법인은 시판업체에 농약을 공급할 때에는 국내에서 제조한 농약과 수입한 농약을 모두 과세대상으로 보고 일반 세금계산서를 발급하였으나

-농협 등*에 농약을 공급하는 경우에는 국내에서 제조한 농약과 수입한 농약을 모두 영세율 적용대상으로 보아 부가가치세 신고하였음

*조특법 §105①(5) 및 특례규정§2①(4)에 따라 농협 등은 농민에 해당

○조특법은 농업용 기자재 중 영세율 대상 농약의 범위를 특례규정에 위임하고 있는데

-’89년 제정된 舊 특례규정 §3②에는 舊 ｢농약관리법｣ §5①에 의하여 농림수산부장관이 고시한 농약으로 영세율 적용대상을 규정하였음

○한편 ’02년 舊 특례규정을 전면 개정하면서 §3②에는 舊 ｢농약관리법｣ §8①에 따라 농촌진흥청장에게 등록된 농약으로 개정되었고

-주요내용은 다음과 같음

연도

주요 내용

비고

1989

농약관리법 제5조에 따라 고시된 농약에 영세율 적용

시행령 제정

2002

농약관리법 제8조에 따라 등록된 농약에 영세율 적용

5조→8조 변경

*(1996년 농약관리법 개정) 품목 고시제 폐지→품목 등록제 변경,

제8조 국내 제조 품목 등록, 제17조 수입 품목 등록

관련 법령

○舊 조세감면규제법 제99조【부가가치세 영세율의 적용】(1998.9.16. 법률 제5561호로 개정된 것) ☞ 1998.9.16. 시행

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세에 있어서는 대통령령이 정하는 바에 따라 영의 세율을 적용한다 (이하생략)

1.～3. (생략)

4.대통령령이 정하는 농민 또는 임업에 종사하는 자에게 공급(｢농업협동조합법｣․｢축산업협동조합법｣․｢엽연초생산협동조합법｣․｢인삼협동조합법｣ 또는 ｢임업협동조합법｣에 의하여 설립된 각 조합 및 이들의 중앙회를 통하여 공급하는 것을 포함한다)하는 농업용·축산업용 또는 임업용 기자재로서 다음의 각목의 것

가.｢비료관리법｣에 의한 비료로서 대통령령이 정하는 것

나.｢농약관리법｣에 의한 농약으로서 대통령령이 정하는 것

• 다. (이하 생략)

○ 조세특례제한법 제105조【부가가치세 영세율의 적용】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 영(零)의 세율을 적용한다 (이하 생략)

1.～4. (생략)

5.대통령령으로 정하는 농민 또는 임업에 종사하는 자에게 공급(국가 및 지방자치단체와 ｢농업협동조합법｣, ｢엽연초생산협동조합법｣ 또는 ｢산림조합법｣에 따라 설립된 각 조합 및 이들의 중앙회와 ｢농업협동조합법｣에 따라 설립된 농협경제지주회사 및 그 자회사를 통하여 공급하는 것을 포함한다)하는 농업용ㆍ축산업용 또는 임업용 기자재로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

가.｢비료관리법｣에 의한 비료로서 대통령령이 정하는 것

나.｢농약관리법｣에 의한 농약으로서 대통령령이 정하는 것

• 다. (이하생략)

○舊 농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정 제3조【영세율 적용대상 농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용기자재의 범위】(1995.12.30. 대통령령 제14864호로 개정된 것) ☞ 1996.1.1. 시행

② 법 제99조제1항제4호 나목에서 "농약으로서 대통령령이 정하는 것"이라 함은 ｢농약관리법｣ 제5조의 규정에 의하여 농림수산부장관이 고시한 농약을 말한다. 다만, 저곡해충약을 제외한다

○舊 농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정 제3조【영세율 적용대상 농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용기자재의 범위】(2001.12.31. 대통령령 제17465호로 개정된 것) ☞ 2002.1.1. 시행

② 법 제105조제1항제5호 나목에서 "농약으로서 대통령령이 정하는 것"이라 함은 ｢농약관리법｣ 제8조의 규정에 의하여 농촌진흥청장에게 등록된 농약을 말한다. 다만, 저곡해충약을 제외한다

○舊 농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정 제3조【영세율 적용대상 농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용기자재의 범위】(2003.12.30. 대통령령 제18183호로 개정된 것) ☞ 2004.1.1. 시행

② 법 제105조제1항제5호 나목에서 "농약으로서 대통령령이 정하는 것"이라 함은｢농약관리법｣제8조의 규정에 의하여 농촌진흥청장에게 등록된 농약을 말한다. 다만, 저곡해충약 및 고독성농약을 제외한다

○농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정 제3조【영세율 적용대상 농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용기자재의 범위】

② 법 제105조제1항제5호 나목에서 "농약으로서 대통령령이 정하는 것"이라 함은 ｢농약관리법｣ 제8조의 규정에 의하여 농촌진흥청장에게 등록된 농약을 말한다. 다만, 저곡해충약(貯穀害蟲藥), 고독성 농약 및 어독성(魚毒性) 1급인 보통독성 농약을 제외한다

○舊 농약관리법 제5조【농약의 품목고시】(1994.12.22. 법률 제4817호로 개정된 것) ☞ 1996.1.1. 시행

① 농약의 품목은 농림수산부령이 정하는 바에 따라 농림수산부장관이 이를 고시한다

○舊 농약관리법 제8조【품목의 등록】(1994.12.22. 법률 제4817호로 개정된 것) ☞ 1996.1.1. 시행

① 제조업 또는 수입업의 등록을 한 자가 제5조제1항의 규정에 의한 고시품목을 제조 또는 수입하여 판매하고자 할 때에는 농림수산부령이 정하는 바에 따라 품목별로 농림수산부장관에게 등록하여야 한다

○舊 농약관리법 제8조【국내제조품목의 등록】(1996.8.8. 법률 제5153호로 개정된 것) ☞ 1996.8.8. 시행

① 제조업자가 농약을 국내에서 제조하여 판매하고자 할 때에는 품목별로 농촌진흥청장에게 등록하여야 한다

○舊 농약관리법 제17조【수입농약 등의 등록】(1996.8.8. 법률 제5153호로 개정된 것) ☞ 1996.8.8. 시행

① 수입업자는 농약 또는 원제를 수입하여 판매하고자 할 때에는 농약의 품목 또는 원제의 종류별로 농촌진흥청장에게 등록하여야 한다 (단서 생략)

○농약관리법 제8조【국내제조품목의 등록】

① 제조업자가 농약을 국내에서 제조하여 판매하려면 품목별로 농촌진흥청장에게 등록하여야 한다. 다만, 제조업자가 다른 제조업자의 등록된 품목을 위탁받아 제조하는 경우에는 그러하지 아니하다

② 제1항에 따른 등록을 하려는 자는 다음 각 호의 사항을 적은 신청서에 제17조의4제1항에 지정된 시험연구기관에서 검사한 농약의 약효, 약해(藥害), 독성(毒性) 및 잔류성(殘留性)에 관한 시험 성적을 적은 서류(이하 “시험성적서”라 한다)를 첨부하여 농약의 시료와 함께 농촌진흥청장에게 제출하여야 한다. 다만, 천연식물보호제나 그 밖에 대통령령으로 정하는 품목을 등록하는 경우에는 농림축산식품부령으로 정하는 바에 따라 시험성적서의 전부 또는 일부의 제출을 면제할 수 있다.

1.신청인의 성명(법인의 경우에는 그 명칭과 대표자의 성명을 말한다. 이하 같다), 주소, 주민등록번호

2.(이하 생략)

○ 농약관리법 제17조【수입농약 등의 등록】

① 수입업자는 농약 또는 원제를 수입하여 판매하고자 할 때에는 농약의 품목이나 원제의 종류별로 농촌진흥청장에게 등록하여야 한다

② 삭제 <2011.7.25.>

③ 제1항에 따른 농약이나 원제의 등록을 할 경우 다음 각 호의 구분에 따라 해당 규정을 준용한다 (이하 생략)

○국세기본법 제18조【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.